Od kada postoji živi svijet na Zemlji, voda se koristila i pomalo zagađivala biljnim, životinjskim i ljudskim otpatcima (tzv. organsko zagađenje). U početku je to malo utjecalo na zagađivanje voda, jer se organski otpad razgrađivao pomoću zraka, uglavnom na korisne materije. Dakle, priroda je tada bila sposobna sama pročistiti vodu.
Međutim, razvojem ljudske zajednice, porastom broja stanovnika i njihovom koncentracijomu velikim gradovima, količina organskih otpadnih voda znatno se povećala. Također rastom čovječanstva raste i potrošnja čiste vode te se stvaraju sve veće količine otpadne vode zagađene raznim organskim i anorganskim tvarima.
Vode su onečišćenjem i zagađivanjem vrlo ugroženi mediji. Sve ljudske aktivnosti utiču na ekosisteme voda i mogu ugroziti slatkovodne izvore odnosno količinu i kvalitet pitke vode.
Da bi se voda adekvatno štitila od onečišćenja, potrebno je upravljati kvalitetom voda, odnosno nadzirati zagađenje voda i istraživati, planirati i otklanjati uzročnike zgađenje voda
Potrebno je posvetiti veliku pažnju zbog mogućnsti uzgrožavanja pitkih voda. Svako onečišćenje, zbog vodenog ciklusa, povlači sa sobom složeni lanac posljedica. Da bi se voda adekvatno štitila od zagađenja, potrebno je upravljati kvalitetom voda, odnosno nadzirati zagađenje voda.
Zaštita voda ostvaruje se nadzorom nad stanjem kvalitetom voda i izvorima zagađenja, sprječavanjem, ograničavanjem, zabranjivanjem radnji i ponašanja koja mogu utjecati na zagađenje voda i stanje okoliša u cjelini, građenjem i upravljanjem građevinama odvodnje i pročišćavanja otpadnih voda, te drugim djelovanjima usmjerenimna očuvanje i poboljšavanje kvaliteta i namjenske uporabljivosti voda.
Osim prihvaćenih međunarodnih konvencija i protokola koji obvezuju Bosnu i Hercegovinu da vodi brigu o zaštiti vodnih sistema, postoji i relativno kvalitetno nacionalno zakonodavstvo.